Bioinformatics - Bio-informatique Nouvelles

Un logiciel mis au point pour aider les chercheurs à mieux comprendre le fonctionnement des réseaux biochimiques dispose désormais d'une licence open source, offrant une gamme toujours plus large des avantages à ses utilisateurs. Permettre aux utilisateurs une expérience limitée en mathématiques à développer des modèles et des simulations de réseaux biochimiques, COPASI soutient la biologie des systèmes Markup Language et fournit aux chercheurs les outils informatiques nécessaires pour enquêter sur la façon dont un système fonctionne grâce à la construction de modèles biochimiques.
National Institutes of Health Ministère allemand, de la science, de la Fondation Klaus Tschira, Commonwealth de la Virginie, la biotechnologie et la recherche en sciences biologiques du Conseil

Un logiciel développé par un professeur à l'Institut Virginia Bioinformatics (VBI) et ses collègues afin d'aider les chercheurs à mieux comprendre le fonctionnement des réseaux biochimiques dispose désormais d'une licence open source, offrant une gamme toujours plus large des avantages à ses utilisateurs.

En développement depuis plus d'une décennie, COPASI (Complexe Pathway Simulator) implique une collaboration internationale entre des groupes de recherche VBI professeur Pedro Mendes à Virginia Tech et l'Université de Manchester et le groupe du professeur Ursula Kummer à l'Université de Heidelberg. Permettre aux utilisateurs une expérience limitée en mathématiques à développer des modèles et des simulations de réseaux biochimiques, COPASI soutient la biologie des systèmes Markup Language (SBML) standard pour la biologie des systèmes logiciels et fournit aux chercheurs les outils informatiques nécessaires pour enquêter sur la façon dont un système fonctionne grâce à la construction d'biochimiques modèles. COPASI est également utilisée par les modélisateurs avancés car il inclut des algorithmes sophistiqués. Une des principales caractéristiques COPASI est la capacité d'ajuster automatiquement les paramètres du modèle à reproduire les résultats expérimentaux, ce qui contribue à justifier la validité du modèle choisi.

COPASI a toujours été disponible grâce à un format open source pour les utilisateurs individuels, mais l'accord du logiciel nouvelle licence, qui est approuvé par l'Open Source Initiative (OSI), permet aux utilisateurs commerciaux d'utiliser librement le logiciel. Cette disponibilité accrue est inclus avec la sortie de la nouvelle version (4.6.33) du logiciel.

«Grâce à notre nouveau 2.0 Artistic License régime d'autorisation, tout le monde aura la possibilité de télécharger et d'utiliser les futures versions de COPASI gratuitement», explique Stefan Hoops, gestionnaire principal de projet VBI et un des fils techniques du projet. "La nouvelle licence est également compatible avec les bibliothèques de logiciels plus et d'autres logiciels d'enseignement, ce qui permettra à l'équipe de développement pour améliorer la qualité et la fonctionnalité de COPASI. Tierces parties seront désormais en mesure de développer et distribuer des logiciels qui utilisent le programme et peuvent également être inclus dans des faisceaux d'autres logiciels, tels que les distributions Linux. chercheurs du monde entier vont maintenant être en mesure d'intégrer dans leurs projets COPASI propres logiciels et distribuer librement des résultats. "