Bioinformatics - Bio-informatique Nouvelles

Les scientifiques qui ont mis un arbre en ligne novatrice de la vie l'an dernier ont maintenant fait que même ressource disponible - gratuitement - pour les smartphones. Le nouveau "TimeTree" application permet à quiconque avec un harnais iPhone d'Apple un magasin Internet grand nombre de données sur la diversité de la vie, de la bactérie à l'homme.
National Science Foundation, la NASA

Dominant la plus puissante des séquoias, de la nature? L 'arbre de la vie détient la totalité du monde vivant sur ses branches généreuses et des membres. Maintenant, une nouvelle application innovante permet à n'importe qui avec un robinet iPhone en cette abondance étonnante de la vie. Téléchargez le Apple Store gratuitement en utilisant TimeTree comme terme de recherche.

Le soft TimeTree harnais un magasin Internet éventail de données sur les formes de vie allant des champignons aux chiens courants, en mettant ces informations dans la paume d'une? La main. L'interface intuitive est conçu pour répondre à une question simple, rapidement et avec autorité: quand les espèces A et B espèces partagent un ancêtre commun?

Le logiciel iPhone est la dernière extension d'un projet conçu par Sudhir Kumar, directeur de l'Institut Biodesign? S Center for Evolutionary médecine et de l'informatique à l'Arizona State University et Blair Hedges, professeur de biologie à l'université Penn State.

Comme Kumar explique, l'arbre de l'évolution de la vie a deux composantes essentielles? Phylogénie et le calendrier. Phylogénie montre les relations entre les espèces de branchement ou d'autres groupes de niveau supérieur au sein d'un royaume particulier, fournissant des informations cruciales pour la compréhension de l'héritage de traits et d'ériger des systèmes de classification. Mais pure ordre de ramification n'a pas de composante temporelle.

Échelle de temps, d'autre part, de déterminer quand les espèces apparues. Il fournit un moyen de comparer l'évolution des espèces dans un groupe directement à l'évolution des autres groupes, et de relier ceux-ci avec l'histoire géologique, le climat, les influences extra-terrestres, et d'autres caractéristiques. Lorsque la phylogénie et le calendrier sont combinés, le résultat est un timetree? Un outil puissant pour comprendre les relations et la diversité des êtres vivants.

Timetrees sont essentiels pour la biologie évolutive, ainsi que pour d'autres domaines. Dans le domaine de la santé humaine, par exemple, ils peuvent être utilisés pour suivre le développement et la migration des organismes pathogènes à travers le temps. Les climatologues et spécialistes de l'atmosphère utilisation timetrees de comparer les effets de divers organismes sur la planète au début. Astrobiologistes méditer l'origine et le développement de la vie dans l'univers, de construire timetrees d'explorer les changements chimiques dans les roches anciennes, qui peuvent être associés à la vie primitive.

Bien que l'iPhone TimeTree fournit un moyen sophistiqué de l'exploitation minière littérature scientifique, à l'aide, il est facile. Il suffit de taper le nom de deux organismes? Par exemple, l'espadon et la sardine? dans l'interface iPhone. TimeTree recherches de son archive web caverneux et en quelques secondes, le rendement de ses conclusions. Espadons (Xiphias gladius) et sardine (Sardina pilchardus) partage un ancêtre commun à environ 245 millions d'années, avant de se baigner de leur côté. Ce soft fonctionne aussi sur les appareils Apple, y compris iPAD et iPod Touch.

Le long de la marge de gauche de l'écran iPhone, une échelle des temps géologiques est fourni, avec les points de données de marquage de chaque étude scientifique TimeTree utilisés pour atteindre son résultat. ? L'une des choses les plus importantes sur cette base de connaissances,? Kumar dit? Est qu'il permet à quiconque de voir les accords et les désaccords actuels sur le terrain? Immédiatement.?

Le but ultime de l'initiative Timetree de la vie, selon Hedges, est-ce? De tracer le calendrier de la vie? À découvrir lors de chaque espèce et de tous leurs ancêtres étaient originaires, tous le chemin du retour à l'origine de la vie quelque quatre milliards d'années. " La première phase de cette entreprise ambitieuse apparues l'an dernier avec la sortie simultanée d'une ressource en ligne appelé "TimeTreeWeb" ( www.timetree.org ), et un livre qui l'accompagne, intitulé «Le Timetree de la vie» (Oxford University Press).

Couvertures et Kumar ont été les rédacteurs du texte volumineux TimeTree, écrite par 105 éminents spécialistes et couvrant une profusion de formes de vie, de la bactérie primitive tout le chemin jusqu'à l'homme. Tout comme le livre TimeTree et la ressource Web, qui sont librement disponibles sur www.timetree.org , l'iPhone nouvelle s'appuie sur le National Center for Biotechnology Information? s navigateur taxonomie complète, qui contient les noms et les lignées phylogénétiques de plus de 160.000 organismes.

Les ressources TimeTree forme une base de connaissances du public, de stockage et de catalogage des milliers de fois pour les organismes divergence disponible dans les revues avec comité de la littérature scientifique. TimeTree est à la fois plus facile et plus polyvalent que les moyens traditionnels de recherche d'information sur la divergence des espèces. Comme Kumar explique, l'un des principaux avantages est TimeTree? S capacité d'accéder à des informations graphiques comme les tables et les arbres, qui avaient été enfermés dans des études scientifiques, la recherche inaccessible aux méthodes traditionnelles de données qui sont principalement basé sur le texte.

Un autre avantage d'une base de connaissances comme TimeTree plus une base de données statique, est TimeTree? S caractère très dynamique. D'une part, les temps de divergence existants pour les taxons sont continuellement mis à jour, affinée et améliorée en termes de précision. D'autre part, les nouvelles méthodes de datation permettent aux chercheurs d'estimer les temps de divergence pour un assortiment sans cesse croissant d'espèces, pas seulement ceux pour lesquels un enregistrement fossile détaillée existe. En particulier, la technique de l'utilisation de «horloge moléculaire» pour estimer les taux d'espèces changement et les points de divergence est de plus en plus monnaie courante. Ces horloges reposent sur l'identification des mutations du gène et de les utiliser pour évaluer les changements moléculaires dans le temps.

L'équipe souligne que la TimeTree va grandir et s'épanouir en tant que la communauté scientifique met continuellement à jour la base de connaissances existants avec les résultats de nouvelles études.

bâtiment Timetree est encore à ses balbutiements, et Kumar note Hedges, avec des millions et des millions d'espèces encore à être pleinement représentés. Néanmoins, la nouvelle application iPhone permet à quiconque d'explorer un domaine à la pointe de la biologie comparative et de trouver sa place dans le timetree de la vie.